Fue el primer templo que se funda en Tenerife, y por tanto en La Laguna. Iglesia matriz a partir de la que se han gestado todas las demás de la isla. La tradición oral y escrita señala que en ella tuvo lugar la primera misa, en la fiesta del Corpus, con los clérigos que acompañaron al Adelantado Fernández de Lugo.
La más antigua de las iglesias parroquiales tuvo un emplazamiento distinto del actual, posiblemente entre la calle Adelantado y la calle Marqués de Celada. En 1511 se decide levantar un nuevo templo de tres naves, más próximo al centro de la incipiente Villa de Arriba. En los primeros 30 años del siglo XVI las obras transcurren con mucha lentitud y concentradas en la cabecera de la iglesia. Finalizan en 1558, aunque conocerá ampliaciones a lo largo de los siglos siguientes.
La construcción de la torre fue igualmente azarosa. Tras sendas construcciones en 1577 y 1630, la fábrica definitiva es de 1694 a 1697.
Pero la mala calidad constructiva, el paso del tiempo y las deficiencias en el mantenimiento del edificio propiciaron una reedificación completa en 1738 y aún posteriormente en 1778, bajo la dirección de Diego Nicolás Eduardo. Su intervención se centra en la capilla mayor y en la cabecera del templo.
Después de distintos avatares constructivos, actualmente vemos un amplio templo de tres naves separadas por una arquería de medio punto sobre columnas de fuste cilíndrico en toba roja y capiteles con decoración variada: baquetones góticos, vegetación o mascarones. La capilla mayor fue modificada a finales del siglo XVIII, cuando se sustituye la antigua por un nuevo espacio cubierto por una bóveda nervada.
La portada principal del templo, en el lado del Evangelio, muestra un arco de medio punto delimitado por sendas columnas de fuste liso.
La portada del lado de la Epístola muestra un diseño similar en un lenguaje barroco característico. La cabecera del templo fue también modificada a finales del siglo XVIII por Diego Nicolás Eduardo, que introduce formas neoclásicas.
La torre constituye el elemento emblemático de la iglesia. Ejecutada en cantería y base cuadrada, aparece rematada por un templete sin chapitel. En su base se ubica el bautisterio, cubierto por una bóveda nervada de inspiración goticista.
El derrumbe de la cubierta en 1972 trajo consigo una restauración poco afortunada que eliminó el pavimento anterior y la modificación de algunos huecos. Desde el año 2000 distintas intervenciones restauradoras han permitido su conservación y mejora.
El 25 de junio de 1948 se declara Monumento Histórico-Artístico. El 30 de octubre de 2012 la declaración de Bien de Interés Cultural incluye una ampliación del ámbito de protección del inmueble, así como la incorporación de todos los bienes muebles vinculados a la Iglesia de La Concepción.