Ermita construida por el Regidor Antón Joven (Regidor y Teniente Gpbernador de Tenerife) a principios del siglo XVI. Se cree que en ella están enterrados los restos de Fernando Guanarteme, último «Guanarteme» de Galdar. Ha sufrido notables transformaciones con respecto a la planta levantada por Torriani.

En los datos proporcionados por Jesús Pérez Morera y M.Rodriguez Mesa en su publicación sobre La Laguna y San Cristóbal es conocido que el catalán Antón Joven dejó establecida una capellania en su Ermita de San Cristóbal, cuya fundación ha venido situandose a principios del siglo XVI. Edificada en unos terrenos que poseia a la salida de la ciudad, cecanos al viejo camino de Santa Cruz, se asegura que el solar de su ubicación corresponde a una parte del campo donde los aborigenes y conquistadores libraron la celebre batalla de Aguere en 1495. Con posterioridad una vez fundada la Villa de San Cristóbal de La Laguna junto a la desaparecida laguna el Cabildo comenzaría a celebrar la festividad de San Cristóbal.

En 1530, la ermita se encontraba en estado ruinoso, debido sobre todo a los muchos pleitos por los que había atravesado, pero el cabildo seguía interesado en mantenerla e intervino para costear su reparación. A finales del siglo XVI esta situación mejora y ya en los primeros años del seiscientos se conoce la existencia de una campana, un coro y un púlpito. Durante toda la centuria se van sucediendo obras de remodelación en toda la ermita, que incluyen trastejados, blanqueos de paredes, construcción de la sacristía, un nuevo campanario y embaldosado de la calle, pero todas estas obras no evitan que en 1677 se apuntale el edificio para evitar su desplome, iniciandose las obras de reedificación que se prolongaron mas allá de 1688.

Los datos acerca de la evolución histórica de la ermita durante los siglos siguientes son escasos, aunque se sabe de la sustitución de la pila de agua bendita en 1707. La fábrica actual se reedificó en el siglo XVIII, desconociéndose las circunstancias de dicha reedificación.