El antiguo complejo conventual cuenta como elemento más destacado el Santuario del Cristo, la residencia de los frailes franciscanos, las sede de la Esclavitud y las dependencias del Cuartel de Artillería. Tiene su origen en el convento franciscano de San Miguel de Las Victorias, fundado por el Adelantado una vez finalizada la Conquista. Su construcción se inicia en 1506, y parece concluir en el año 1560, pero son escasos los datos sobre la evolución de su fábrica. Tanto la iglesia como el convento fueron objeto de reformas y alteraciones, algunas de ellas con motivo de importantes desastres naturales, como las inundaciones de 1713 o el incendio de 1810.
El acceso al inmueble se realiza a través de un pórtico de mampostería en el que se abren tres arcos de medio punto orientados a la Plaza del Cristo. Tras la portada se extiende un espacio, a modo de plaza, de dimensiones modestas, delimitado hacia el norte por los edificios adosados de la Esclavitud y de la residencia franciscana. Se trata de inmuebles de escaso interés arquitectónico, en los que merece destacarse el balcón de madera ubicado en la fachada orientada a la Plaza del Cristo (con sencilla decoración y antepecho de cojinetes y celosías), instalado –posiblemente- con posterioridad al incendio de 1810; mientras que en su fachada sur, se alinean de forma simétrica, huecos con carpinterías de madera y antepechos de cojinetes o de rejería.
El Santuario fue construido a partir del referido incendio bajo los esquemas propios de la arquitectura tradicional canaria, a pesar de las preferencias estilísticas de la época. La fachada principal consta de dos elementos bien diferenciados: por un lado, el paño de cantería que soporta la espadaña, estructurada en dos cuerpos separados por una estrecha cornisa. En ella se abren tres arcos de medio punto que acogen las campanas y muestra una decoración barroca de volutas y jarrones ornamentales. El segundo elemento se corresponde con el lienzo de mampostería en que se abre la portada, delimitada por un arco de medio punto en cantería roja sobre pilastras, con una delgada moldura que discurre bajo el alero.
Presenta una planta rectangular, con un pequeño compartimento anexo que sirve de vestíbulo. Su única nave está distribuida en tres tramos por el arco toral que precede al presbiterio, y por el arco de medio punto que sostiene la tribuna del órgano. La altura de la nave y la austeridad que caracteriza el artesonado son ejemplo de las influencias neoclásicas, dentro de un patrón general de corte barroco. En sus paredes se abren cuatro hornacinas en cantería y con decoración clasicista, mientras que el testero está ocupado por el espléndido retablo mayor recubierto de plata repujada que alberga la imagen del Cristo. Sobre su frontal, donde figuran las armas del marqués de Villanueva del Prado, descansa el sagrario en forma de templete y flanqueado por columnillas clásicas. Sobre este cuerpo se eleva una gran hornacina cuyo fondo parece decorado por relieves de madera recubiertos de pan de oro, contorneada por una original estructura reticulada de candelabros que culmina con la talla de San Miguel.
El 10 de febrero de 2003 se incoa expediente de declaración de Bien de Interés Cultural, con la categoría de Monumento, al Real Santuario del Santísimo Cristo de La Laguna, así como a sus bienes muebles vinculados y entorno de protección. De manera especial, la imagen del Santísimo Cristo de La Laguna ha sido, igualmente, incoada como Bien de Interés Cultural, con la categoría de Bien Mueble, el 5 de junio de 2001